Thomas a Kempis is overleden op 25 juli 1471 in het Agnietenbergklooster bij Zwolle en aldaar begraven. Na het opgraven van het gebeente van Thomas van Kempen in 1672 zijn deze geplaatst in een reliekschrijn, vervaardigd door Hermannus van Arnhem. Deze fraai bewerkte reliekschrijn had in de betrekkelijke anonimiteit een plaats gekregen in de nieuwe Sint-Michaëlskerk aan de Bisschop Willebrandlaan in Zwolle-Oost. Daar bevond het zich tot 2005.
Omdat deze kerk in november van dat jaar gesloten werd, zijn ze met Pinksteren 2006 definitief overgebracht naar de Basiliek van Onze Lieve Vrouwe Ten Hemelopneming (de Peperbus) in het centrum van Zwolle. Dat gebeurde in een sfeervolle processie, langs belangrijke plekken in Zwolle uit het leven van de Moderne Devoot. Thomas a Kempis heeft in zijn tijd ook zelf de OLV Basiliek bezocht.
De schrijn uit 1674 is een blauw geverfde kist met op de voorkant drie engelenkoppen en bloemversiering rond een banderol met het opschrift 'Reliquiae Pii Thomae a Kempis'.
In mei 2011 werd de kist geopend om wetenschappelijk onderzoek te doen op de beenderen. Ook wilden forensisch antropologen de geestelijke een gezicht geven door zijn schedel te reconstrueren. Dat is echter mislukt, omdat na opening bleek dat er delen van de schedel ontbraken, waardoor een reconstructie niet mogelijk was. Onderzoek op zijn beenderen heeft aangetoond dat hij inderdaad heel oud is geworden. Ook was de augustijner kanunnik voor zijn tijd met 1.76 meter erg lang.
De schrijn van de geestelijke stond in een praalgraf in de Sint-Michaëlskerk aan de Roggestraat in Zwolle, maar dat is in 1967 kapotgeslagen, toen de kerk waarin het praalgraf stond, plaats moest maken voor de stadsvernieuwing. De blauwe schrijn staat nu in een nis in de basiliek.
De afsluiting van het onderzoek kreeg een letterlijke sluiting onder uitspreking van een gebed door hulpbisschop Herman Woorts van de kist met het gebeente op 24 februari 2012 in de Peperbus.
Informatie over het praalgraf
Op 11 november 1897 werd een grafmonument van hem onthuld in de Sint-Michaëlskerk aan de Roggestraat in Zwolle, in het bijzijn van de rooms-katholieke aartsbisschop van Utrecht.
In 1892 werd een neogotische kerk gebouwd gewijd aan St. Michaël. Daar werd een fraai praalmonument gebouwd voor Thomas door Friedrich Mengelberg. Met giften van de paus, de koning van Noorwegen en andere weldoeners werd het grote monument achter in de kerk tegen de toren aan gebouwd.
In 1966 werd deze kerk afgebroken. Het Thomasmonument viel ten prooi aan de slopershamer. Een zwarte bladzijde uit de Zwolse kerkgeschiedenis. De schrijn werd overgebracht naar de nieuwgebouwde St Michaelskerk aan de Bisschop Willebrandlaan.